Ciao,
A runtime l'effetto viene mantenuto, quindi immagino che tu non stia parlando della classica esportazione json/skel ma di sequenze di PNG o video.
In questo secondo caso l'effetto viene mantenuto, ma se hai delle trasparenze, siccome l'effetto è additivo e non c'è niente a cui sommarlo, il risultato è una fusione normale. Quindi per non perdere l'effetto devi aggiungere un colore di sfondo nel caso di video/gif/immagini singole.