こんにちは！
ご質問の件ですが、あらかじめ分かれていたスケルトンの一部を1つにマージする作業は、残念ながらあまり簡単に行う方法がありません。
ただアニメーションについてはSpineメニューの プロジェクトインポート...(Import Project...) から開けるプロジェクトインポートダイアログのインポートのオプションで アニメーション を選択していただくことでインポートが可能です。
その際、インポート元のスケルトンとインポート先のスケルトンの間でボーンやスロットなど各要素の名称が揃っている必要があり、名称が異なっている要素がある場合はそのタイムラインは無視されます。
逆にこれを利用して以下のようなことは可能です。
【前提：スケルトンCを素体とし、スケルトンAから右手の動きだけをインポートする場合】
1.スケルトンCの右腕〜右手のボーンやスロット名がスケルトンAの名前と一致していることを確認する
2.右腕〜右手以外はスケルトンCの元々の動きを残したいので、スケルトンAと被らない名前に変更する
3.プロジェクトインポートよりアニメーションをインポートする
4.右腕〜右手のキーだけが残ったアニメーションがインポートされるので、
それらのキーをコピーして必要なアニメーションにペーストする
なお、アニメーションのインポートを行なった際、同名のアニメーションは自動的に別名に変更されてしまうので、たとえば元のアニメーション名が attack だった場合、attack2 のようになってしまうので注意してください。改名されたアニメーションの方に必要なキーがインポートされているはずですので、それらのキーをコピーして元の名前のアニメーションにペーストしてください。
※バージョン4.1では同名のアニメーションを上書きするオプションが追加されたので、このマージ作業が少し簡単になっています。
アニメーションのインポートについてはユーザーガイドのこちらのページでも解説されています：
インポート - Spineユーザーガイド: アニメーション
残念ながらアニメーションのインポートはコマンドライン経由で行うことが出来ないため、これらの作業を自動化することができません。そのため、お手数ですが都度プロジェクトインポートウィンドウを開いてインポート元のSpineプロジェクトやインポートしたいアニメーションを手動で選択していただく必要があります。
手順が多くて恐れ入りますが、ご参考になれば幸いです。
